重点实验室是一个集学科建设、新技术研究开发、市场推广应用和人才培养多种功能于一体的教育与技术服务相结合的机构。实行江西理工大学领导下的主任负责制，设立主任1人，副主任2人，组成一个高效、精干、团结的领导班子。
（1）管理体制
实验室立管理委员会和学术委员会，实行管理委员会领导下的主任负责制。下设“离子型稀土高效绿色提取技术及理论”、“离子型稀土清洁冶炼及循环经济”、“离子型稀土富余元素平衡高值利用”和“稀土矿冶生态环境保护”四大研究方向以及管理与技术平台。
管理委员会是实验室的决策机构，负责审议实验室建设与发展的重大事项，负责制定有关发展方向、规划计划；监督和审查财务预决算；协调相关合作单位间的关系，对实验室的建设与发展负有全面责任。
学术委员会由国内知名专家、学者组成，是实验室的技术咨询机构和评审机构，对实验室的工作方向进行指导。其职责是负责审议实验室的中长期发展战略；审议研究开发计划，评价工程设计与试验方案；提供技术经济咨询和市场信息；负责审议实验室年度工作，以及对各个部门技术工作的考核等。
管理与技术平台主要为科学研究、科技创新、工程测试等提供先进的分析测试仪器设备和研究基地；配合四大方向开展稀土资源高效开发及应用的基础研究、科技攻关、产品开发和工程化研究以及成果推广、转化和产业化工作；开展稀土行业技术人员的培训、技能提高、技术咨询以及学生实践实习等工作。
（2）运行机制
实验室遵循“开放、协作、流动、竞争”的原则，根据自身特点，以人为本，建立了健全的规章制度，包括行政管理制度、科研管理制度、人才管理制度、设备开放运行与管理制度等各项规章制度，规范运行管理。
本实验室建立了包括《离子型稀土资源开发及应用教育部重点实验室日常运行管理工作章程》、《学术委员会工作章程》、《科研项目管理办法》等在内的管理制度。本实验室管理委员会由实验室领导和学术带头人组成，管理委员会实行以主任负责制为前提的民主集中制原则，管理委员会会议每学期主持召开一次，讨论决定实验室的重大问题，管理委员会成员对所议的问题充分发表意见，经认真讨论后形成决议。本实验室学术委员会由国内优秀专家组成，负责审议实验室的中长期发展战略；审议研究开发计划，评价工程设计与试验方案；提供技术经济咨询和市场信息；负责审议实验室年度工作，以及对各个部门技术工作的考核等。学术委员会全体会议每年至少召开一次。
本实验室建立了包括科研管理办法、经费管理办法等在内的科研与财务管理制度体系。本实验室对项目实行项目管理责任制，项目管理负责人和技术负责人由项目管理与评估部以推荐等方式选定。其中，项目管理负责人对项目的组织争取、建议立项、项目实施、完成等全过程进行管理。技术负责人对项目的技术工作负全责。
本实验室经费采取专款专用、管好用好的管理方式，经费主要包括自主研究课题经费和用于支持实验室建设与发展的经费。自主研究课题经费严格实行预决算和项目成本核算管理，由课题组长负责，按课题归口管理；用于支持实验室建设与发展运行经费的使用，由主任审批，主要用于资助开放研究课题、实验室日常运行管理和组织召开的各种会议等公共开支。实验室科研费开支（使用）按江西理工大学有关科研经费的管理规定执行。
本实验室建立了包括固定人员管理条例、流动人员管理条例等在内的人才管理制度体系。本实验室固定人员实行分级聘任，分类管理。研究人员由实验室考核聘任。本实验室流动人员包括：固定人员所在课题组的青年教师、协议制研究人员、客座研究员等。客座或兼职人员可以采取自荐与推荐相结合的方式，经主任会议审议通过后，由实验室主任聘任。
